Az elsődleges fejfájást a fej fájdalomérzékeny részeinek túlzott aktivitása, vagy problémái okozzák. Az elsődleges fejfájdalom azt jelenti, hogy a fájdalom nem egy másik betegség tünete, hanem önmagában jelentkező probléma. Az agy kémiai aktivitásai, a koponya körüli idegek és erek szerkezete, a fej és a nyak izmai (és ezek kombinációi) mind szerepet játszhatnak az elsődleges fájdalom kialakulásában. Így például nyakfájás vagy nyaki meszesedés is járhat fejfájással leggyakoribb elsődleges típusai a fej fájdalmainak: cluster fejfájás (rohamokban jelentkező), migrén, aurás migrén, tenziós fejfájás, trigemino-autonom fejfájás, amely hirtelen, egy oldalon jelentkező közepes és erős rohamokban jelentkező fejfájást jelent.